تعداد نشریات | 44 |
تعداد شمارهها | 1,303 |
تعداد مقالات | 16,035 |
تعداد مشاهده مقاله | 52,540,688 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 15,244,909 |
برازش شبکه برهمکنش عوامل رونویسی مؤثر بر نرخ تخمک گذاری و ژن های شناسایی شده با استفاده از تحلیل پروموتردر گاو | ||
پژوهش های علوم دامی (دانش کشاورزی) | ||
دوره 31، شماره 2، شهریور 1400، صفحه 45-56 اصل مقاله (800.24 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/as.2021.32082.1485 | ||
نویسندگان | ||
علی توانا1؛ همایون فرهنگ فر2؛ الهام بهدانی* 3 | ||
1دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش علوم دامی، دانشگاه بیرجند | ||
21. استاد، بخش علوم دامی، دانشگاه بیرجند | ||
3آموخته مقطع دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش علوم دام ، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان | ||
چکیده | ||
چکیده اهمیّت صفات تولیدمثلی، با توجّه به اثر مستقیم بر سودآوری واحدهای پرورشی، روز به روز بیشتر میگردد. یکی از این صفات، نرخ تخمکگذاری است. در این پژوهش، با استفاده از تحلیل ناحیه آغازگر ژنهای کاندید مرتبط با نرخ تخمکگذاری، به شناسایی ژنهای کاندید جدید و بررسی سازوکارهای مولکولی مرتبط با این صفت پرداخته شد. برای این منظور، ابتدا ژنهای کاندید مرتبط با نرخ تخمکگذاری از پایگاه اطّلاعاتی NCBI استخراج گردیدند. سپس بهکمک نرمافزار Genomatix، عوامل رونویسی که بر ناحیه آغازگر جایگاه اتّصال داشتند، مورد کاوش قرار گرفتند. ناحیه آغازگر تمامی ژنها در رابطه با عوامل رونویسی بهدست آمده از مرحله قبل، مورد بررسی قرار گرفت و آن دسته از ژنهایی که برای عوامل رونویسی جایگاه اتّصال داشتند، بهعنوان ژنهای کاندید احتمالی در رابطه با نرخ تخمکگذاری گزارش گردیدند. بهمنظور بررسی مهمترین عوامل رونویسی و مؤثّرترین ژنهای هدف آنها، از بازسازی شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از پایگاه اطّلاعاتی STRING استفاده گردید. مسیرهای زیستی مؤثّر بر نرخ تخمکگذاری نیز با استفاده از پایگاه اطّلاعاتی comparative GO مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد عوامل رونویسی مؤثّر بر بیان ژنهای شناسایی شده بر نرخ تخمکگذاری میتواند بیان 51 ژن دیگر را سبب گردد. برازش شبکه برهمکنش عوامل رونویسی و ژن-های هدف آنها نشان داد عوامل رونویسی E2F1 و TFDP1 از مهمترین عوامل رونویسی مؤثّر بر بیان ژنهای کنترل کننده تخمکگذاری میباشند و دو ژن CAV1 و RANBP1 نیز بهعنوان مهمترین ژنهای هدف عوامل رونویسی مطرح گردیدند. این ژنها در تمایز سلولی، تنظیم چرخهی سلولی و تنظیم رونویسی در تخمک نقش دارند. بر اساس نتایج این پژوهش، مهمترین سازوکارهای مولکولی مرتبط با نرخ تخمکگذاری مسیرهای سیگنالدهی JAK-STAT و تیروزین کیناز بودند. مسیر زیستی مرتبط با تخمکگذاری نیز عامل رشد بتا، مهاجرت سلولی مشخص شد. علاوه بر این مسیرهای زیستی مرتبط با JNK از جنبههای مختلف، تخمکگذاری را تحت تأثیر قرار میدهند. | ||
کلیدواژهها | ||
مسیرهای بیولوژیکی؛ ژنهای نشانگر؛ تحلیل ناحیه آغازگر؛ شبکه بر همکنش پروتئینی | ||
مراجع | ||
Baruselli P, Batista E, Vieira L and Souza A, 2015. Relationship between follicle population, AMH concentration and fertility in cattle. Animal Reproduction 12(3): 487-497. Berkovich E and Ginsberg D, 2003. ATM is a target for positive regulation by E2F-1. Oncogene 22(2): 161. Boscher C and Nabi IR, 2012. Caveolin-1: role in cell signaling, in Caveolins and Caveolae. Springer. p. 29-50. Di Fiore B, Ciciarello M, Mangiacasale R, Palena A, Tassin A-M, Cundari E and Lavia P, 2003. Mammalian RanBP1 regulates centrosome cohesion during mitosis. Journal of Cell Science 116(16): 3399-3411. Di F, Liu J, Li S, Yao G, Hong Y, Chen Z J, Li W and Du Y, 2018. ATF4 contributes to ovulation via regulating COX2/PGE2 expression: A potential role of ATF4 in PCOS. Frontiers in Endocrinology 15(9):669. Di Yorio MP, Bilbao MG, Biagini-Majorel AM and Faletti AG. 2013. Ovarian signalling pathways regulated by leptin during the ovulatory process. Reproduction: REP-13-0257. Diouf MN, Lefebvre R, Silversides DW, Sirois J and Lussier JG, 2006. Induction of alpha‐caveolin‐1 (αCAV1) expression in bovine granulosa cells in response to an ovulatory dose of human chorionic gonadotropin. Molecular Reproduction and Development: Incorporating Gamete Research 73(11): 1353-1360. Docquier A, Augereau P, Lapierre M, Harmand P-O, Badia E, Annicotte J-S, Fajas L and Cavaillès V, 2012. The RIP140 gene is a transcriptional target of E2F1. PloS One 7(5): e35839. Gaddis KP, Dikmen S, Null D, Cole J and Hansen P, 2017. Evaluation of genetic components in traits related to superovulation, in vitro fertilization, and embryo transfer in Holstein cattle. Journal of Dairy Science 100(4): 2877-2891. Hansen KR, Hodnett GM, Knowlton N and Craig LB, 2011. Correlation of ovarian reserve tests with histologically determined primordial follicle number. Fertility and Sterility 95(1): 170-175. Helin K, Wu C-L, Fattaey AR, Lees JA, Dynlacht BD, Ngwu C and Harlow E, 1993. Heterodimerization of the transcription factors E2F-1 and DP-1 leads to cooperative trans-activation. Genes & Development 7(10): 1850-1861. Holmberg C, Helin K, Sehested M and KarlstroÈm O, 1998. E2F-1-induced p53-independent apoptosis in transgenic mice. Oncogene 17(2): 143. Kawashima C, Matsui M, Shimizu T, Kida K and Miyamoto A, 2012. Nutritional factors that regulate ovulation of the dominant follicle during the first follicular wave postpartum in high-producing dairy cows. Journal of Reproduction and Development 58(1): 10-16. Kimble K, 2018. Transcriptome profiles of porcine oocytes and their corresponding cumulus cells reveal functional gene regulatory networks. masters thesis, Auburn University; Alabama, USA: Kumar S, Dahiya S P, Magotra A and Kumar S, 2017. Genetic Markers Associated With Fecundity in Sheep. International Journal of Science, Environment and Technology 6(5): 3064-3074. Liu DT, Brewer MS, Chen S, Hong W and Zhu Y, 2017. Transcriptomic signatures for ovulation in vertebrates. General and Comparative Endocrinology 247: 74-86. Lussier JG, Diouf MN, Lévesque V, Sirois J and Ndiaye K, 2017. Gene expression profiling of upregulated mRNAs in granulosa cells of bovine ovulatory follicles following stimulation with hCG. Reproductive Biology and Endocrinology 15: 80-88. Ma X, 2014. Context-dependent interplay between Hippo and JNK pathway in Drosophila. AIMS Genet 1: 20-33. Mullen M and Gonzalez-Perez R, 2016. Leptin-Induced JAK/STAT signaling and cancer growth. Vaccines 4(3): 26. Ndiaye K, Castonguay A, Benoit G, Silversides DW and Lussier JG, 2016. Differential regulation of Janus kinase 3 (JAK3) in bovine preovulatory follicles and identification of JAK3 interacting proteins in granulosa cells. Journal of Ovarian Research 9(1): 71. Pramod RK, Sharma SK, Kumar R and Rajan A, 2013. Genetics of ovulation rate in farm animals. Veterinary World 6(11): 833. Regan SL, Knight PG, Yovich JL, Leung Y, Arfuso F and Dharmarajan A, 2018. Involvement of Bone Morphogenetic Proteins (BMP) in the Regulation of Ovarian Function, in Vitamins and hormones. Elsevier. p. 227-261. Shaw L, Sneddon SF, Zeef L, Kimber SJ and Brison DR, 2013. Global gene expression profiling of individual human oocytes and embryos demonstrates heterogeneity in early development. PLoS One 8(5): e64192. Sobinoff A, Sutherland J and McLaughlin E, 2013. Intracellular signalling during female gametogenesis. MHR: Basic Science of Reproductive Medicine 19(5): 265-278. Sprícigo J, Morais K, Ferreira A, Machado G, Gomes A, Rumpf R, Franco M and Dode M, 2014. Vitrification of bovine oocytes at different meiotic stages using the Cryotop method: assessment of morphological, molecular and functional patterns. Cryobiology 69(2): 256-265. Wiechen K, Diatchenko L, Agoulnik A, Scharff KM, Schober H, Arlt K, Zhumabayeva B, Siebert PD, Dietel M and Schäfer R, 2001. Caveolin-1 is down-regulated in human ovarian carcinoma and acts as a candidate tumor suppressor gene. The American Journal of Pathology 159(5): 1635-1643. Yang F, Wang M, Zhang B, Xiang W, Zhang K, Chu M and Wang P, 2018. Identification of new progestogen-associated networks in mammalian ovulation using bioinformatics. BMC Systems Biology 12(1): 36. Yang W, Tang K, Li S and Yang L, 2011. Association analysis between variants in bovine progesterone receptor geneand superovulation traits in Chinese Holstein cows. Reproduction in Domestic Animals 46(6): 1029-1034. Yin M, Wang X, Yao G, Lu M, Liang M, Sun Y and Sun F, 2014. Transactivation of miR-320 by miR-383 regulates granulosa cell functions by targeting E2F1 and SF-1. Journal of Biological Chemistry 289(26): 18239-18257. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 760 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 342 |