تعداد نشریات | 44 |
تعداد شمارهها | 1,304 |
تعداد مقالات | 15,973 |
تعداد مشاهده مقاله | 52,333,471 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 15,097,555 |
طراحی آنتی ژن حفاظتی پلی توپیک علیه انگل اکینوکوکوس گرانولوزوس برای هر دو میزبان اصلی و واسط | ||
پژوهش های علوم دامی (دانش کشاورزی) | ||
دوره 31، شماره 2، شهریور 1400، صفحه 15-27 اصل مقاله (1.03 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/as.2021.25513.1424 | ||
نویسندگان | ||
غلامعلی مقدم* 1؛ محمد مصطفی پورسیف2؛ حسین دقیق کیا3؛ احمد نعمت الهی4 | ||
1استاد دانشکده کشاورزی | ||
2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران | ||
3استاد، دانشگاه تبریز | ||
4استاد گروه پاتوبیولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تبریز | ||
چکیده | ||
زمینه مطالعاتی: انگل اکینوکوکوس گرانولوزوس عامل بیماری زئونوتیک کیست هیداتیک است که در بسیاری از واحدهای دامپروری و بویژه در مناطق روستایی و حومه شهرها به لحاظ اپیدمیولوژی در وضعیت اندمیک است. میزبانهای طبیعی این پاتوژن انگلی به طور عمده سگ (به عنوان میزبان اصلی)، گوسفند و انسان (به عنوان میزبان واسط) هستند. امروزه کنترل و پیشگیری این بیماری عمدتا محدود به اجرای برنامههای آموزشی، نظارتی و مدیریتی در مزارع دامپروری و کشتارگاهها بوده است. در دهه اخیر توجه جدی به توسعه واکسن پیشگیرانه بوجود آمده است. هدف از این مطالعه معرفی ابزارها و نرم افزارهای بیوانفورماتیک هستند که در طراحی آنتی ژن حفاظتی مفید خواهند بود. روش کار: در این مطالعه از ابزارهای پیشگویی کننده ی اپیتوپ مربوط به مربوط به سیستم ایمنی سلولی و هومورال استفاده گردید. همچنین از نرم افزار مدلر برای مدلینگ ساختار سوم هر یک از آنتی ژن های حفاظتی استفاده گردید. داکینگ مولکولی بین مولکول های MHC اختصاصی گونه و نیز پپتیدهای کاندید اپی توپ سلول T مورد استفاده قرار گرفت. برای این کار از نرم افزار Hex ورژن 8 استفاده شد. نتایج: شاخص های ایمونوژنیک مربوط به هر یک از آنتیژن ها در قالب یک سازه آنتی ژن حفاظتی مرتب گردید و توسط لینکرهای اختصاصی در کنار هم قرار گرفتند. سپس کدون ها ی این سازه آنتی ژن حفاظتی برای بیان در میزبان پروکاریوتی (Escherichia coli k12) بهینه گردید. نتیجه گیری نهایی: در این مطالعه ی بیوانفورماتیک، اطلاعات کلیدی در خصوص روش شناسی گام به گام طراحی دنوو آنتی ژن حفاظتی علیه بیماری انگلی اکینوکوکوس گرانولوزوس ارائه شده است. که به نظر می رسد قابلیت حفاظت همزمان سگ و گوسفند در برابر این بیماری را داشته باشد. | ||
کلیدواژهها | ||
اکینوکوکوس گرانولوزوس؛ اپی توپ؛ ایمنی هومورال؛ ایمنی سلولار؛ آنتی ژن حفاظتی | ||
مراجع | ||
Bethony JM, Cole RN, Guo X, Kamhawi S, Lightowlers MWand Loukas A, 2011. Vaccines to combat the neglected tropical diseases. Immunology Review 239(6) 237-70. Bingham GM, Budke CM, Larrieu E, Del Carpio M, Mujica G and Slater MR, 2014. A community-based study to examine the epidemiology of human cystic echinococcosis in Rio Negro Province, Argentina. Acta Tropical 136(4) 81-8. Carmena D and Cardona GA, 2014. Echinococcosis in wild carnivorous species: epidemiology, genotypic diversity, and implications for veterinary public health. Veterinary Parasitology 202: 69-94. Cong H, Zhang M, Zhang Q, Gong J, Cong H, Xin Q and He S, 2013. Analysis of structures and epitopes of surface antigen glycoproteins expressed in bradyzoites of Toxoplasma gondii. Biomedal Research International 89(3)165342. Craig PS, McManus DP, Lightowlers MW, Chabalgoity JA, Garcia HH, Gavidia CM, Gilman RH, Gonzalez AE, Lorca M, Naquira C, Nieto A, and Schantz PM, 2007. Prevention and control of cystic echinococcosis. Lancet Infection Diseases 7(6)385-394. Dalbey R and Von Heijne G, 2002. Protein targeting, transport, and translocation, Academic Press. Deplazes P, Thompson RC, Constantine CC, and Penhale WJ, 1994. Primary infection of dogs with Echinococcus granulosus: systemic and local (Peyer's patches) immune responses. Veterinary Immunology and Immunopathology 40(2) 171-184. Eckert J and Deplazes P, 2004. Biological, epidemiological, and clinical aspects of echinococcosis, a zoonosis of increasing concern. Clinical Microbiology Review 17(1) 107-135. Fiser A and Sali A, 2003. Modeller: generation and refinement of homology-based protein structure models. Methods in Enzymology 374: 461-491. Funakoshi M and Hochstrasser M, 2009. Small epitope-linker modules for PCR-based C-terminal tagging in Saccharomyces cerevisiae. Yeast 26(3) 185-92. Gan W, Zhao G, Xu H, Wu W, Du W, Huang J, Yu X, and Hu X, 2010. Reverse vaccinology approach identify an Echinococcus granulosus tegumental membrane protein enolase as vaccine candidate. Parasitology Research 106(4) 873-882. Gori A, Longhi R, Peri C and Colombo G, 2013. Peptides for immunological purposes: design, strategies and applications. Amino Acids 45: 257-68. Janeway CA, Travers P, Walport M, and Shlomchik M, 2005. Immunobiology: the immune system in health and disease. New York: Garland Science. Kern P, 2003. Echinococcus granulosus infection: clinical presentation, medical treatment and outcome. The Archives of Surgery 388(6) 413-420. Kitchen DB, Decornez H, Furr JR and Bajorath J, 2004. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. Nature Reviews. Drug Discovery. 3(11): 935-49. Laskowski RA and Swindells MB, 2011. LigPlot+: multiple ligand-protein interaction diagrams for drug discovery. Journal of Chemical Information and Modeling 51(10) 2778-2786. Li YJ, Yang J, Zhao H, Jia HY, Zhang LN, Liu XX, Ma XM, Wen H, and Ding JB, 2012. Bioinformatics prediction of egA31 recombinant antigen epitopes of Echinococcus granulosus. Zhongguo Ji Sheng Chong Xue Yu Ji Sheng Chong Bing Za Zhi 30(1) 78-80. Li ZJ, Wang YN, Wang Q, and Zhao W, 2012. Echinococcus granulosus 14-3-3 protein: a potential vaccine candidate against challenge with Echinococcus granulosus in mice. Biomedical Environmental Sciences 25(3) 352-358. Lu G, Lu Y, Li L, Wu L, Fan Z, Shi D, Wang H, and Han X, 2010. Identification and bioinformatics analysis of lactate dehydrogenase genes from Echinococcus granulosus. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine 3(10) 757-761. Ma X, Zhou X, Zhu Y, Li Y, Wang H, Mamuti W, Li Y, Wen H, and Ding J, 2013. The prediction of T- and B-combined epitope and tertiary structure of the Eg95 antigen of Echinococcus granulosus. Experimental and Therapeutic Medicine 6(3) 657-662. Moro P and Schantz PM, 2009. Echinococcosis: a review. International Journal of Infection Diseases 13(2) 125-133. Otero-Abad B and Torgerson PR, 2013. A systematic review of the epidemiology of echinococcosis in domestic and wild animals. PLoS Neglected Tropical Diseases 7(6) 2249. Parker JM, Guo D, and Hodges RS, 1986. New hydrophilicity scale derived from high-performance liquid chromatography peptide retention data: correlation of predicted surface residues with antigenicity and X-ray-derived accessible sites. Biochemistry 25(19) 5425-5432. Parvizpour S, Pourseif MM, Razmara J, Rafi MA and Omidi Y, 2020. Epitope-based vaccine design: a comprehensive overview of bioinformatics approaches. Drug Discovery Today 25(6) 1034-1042. Patronov A and Doytchinova I, 2013. T-cell epitope vaccine design by immunoinformatics. Open Biology 3(1) 120-139. Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, and Ferrin TE, 2004. UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. Journal of Computational Chemistry 25(13) 1605-1612. Poland GA, Ovsyannikova IG, and Kennedy RB, 2017. Personalized vaccinology: A review. Vaccine (In Press). Pourseif MM, Moghaddam Gh, Naghili B, Saeedi N, Parvizpour S, Nematollahi A, and Omidi Y, 2018. A novel in silico minigene vaccine based on CD4(+) T-helper and B-cell epitopes of EG95 isolates for vaccination against cystic echinococcosis. Computational Biological and Chemistry 72: 150-163. Pourseif MM, Moghaddam Gh, Saeedi N, Barzegari A, Dehghani J, and Omidi Y, 2018. Current status and future prospective of vaccine development against Echinococcus granulosus. Biologicals 51: 1-11. Pourseif MM, Moghaddam Gh, Daghighkia H, Nematollahi A, Omidi Y, 2018b. A novel B- and helper T-cell epitopes-based prophylactic vaccine against Echinococcus granulosus. BioImpacts 8(1) 39-52. Pourseif MM, Yousefpour M, Aminianfar M, Moghaddam Gh, Nematollahi A, 2019. A multi-method and structure-based in silico vaccine designing against Echinococcus granulosus through investigating enolase protein. BioImpacts 9(3) 131-144. Pourseif MM, Moghaddam Gh, Nematollahi A, Khordadmehr M, Naghili B, Dehghani J, Omidi Y, 2021. Vaccination with rEGVac elicits immunoprotection against different stages of Echinococcus granulosus life cycle: A pilot study. Acta Tropica 218: 105883. Ritchie DW, 2008. Recent progress and future directions in protein-protein docking. Current Protein Peptide Science 9(1) 15-1. Reverberi R and Reverberi L, 2007. Factors affecting the antigen-antibody reaction. Blood Transfusion 5(4): 227-240. Shao JJ, Wong CK, Lin T, Lee SK, Cong GZ, Sin FW, Du JZ, Gao SD, Liu XT, Cai XP, Xie Y, Chang HY, Liu JX, 2011. Promising multiple-epitope recombinant vaccine against foot-and-mouth disease virus type O in swine. Clinical and Vaccine Immunology 18(1) 143-9. Shi Z, Wang Y, Li Z, Li Z, Bo Y, Ma R, and Zhao W, 2009. Cloning, expression, and protective immunity in mice of a gene encoding the diagnostic antigen P-29 of Echinococcus granulosus. Biochiemica et Biophysica Acta(Shanghai) 41(1) 79-85. Toussaint NC and Kohlbacher O, 2009. Towards in silico design of epitope-based vaccine. Expert Opinion Drug Discovery 4(10) 1047-1060. Tsirigos KD, Peters C, Shu N, Kall L, and Elofsson A, 2015. The TOPCONS web server for consensus prediction of membrane protein topology and signal peptides. Nucleic Acids Research 43: 401-407. Vercruysse J, Knox DP, Schetters TP, and Willadsen P, 2004. Veterinary parasitic vaccines: pitfalls and future directions. Trends Parasitol 20(10) 488-492. World Health Organization (WHO),2017.Echinococcosis. Available at: http://wwwwhoint/mediacentre/factsheets/fs377/en/. Wilkins MR, Gasteiger E, Bairoch A, Sanchez JC, Williams KL, Appel RD and Hochstrasser DF, 1999. Protein identification and analysis tools in the ExPASy server. Methods in Molecular Biology 112: 531-552. Woollard DJ, Gauci CG, Heath DD, and Lightowlers MW, 1998. Epitope specificities and antibody responses to the EG95 hydatid vaccine. Parasite Immunology 20(11) 535-540. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 833 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 327 |