تعداد نشریات | 44 |
تعداد شمارهها | 1,303 |
تعداد مقالات | 16,020 |
تعداد مشاهده مقاله | 52,487,410 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 15,214,227 |
ردیابی و شناسایی Candidatus phytoplasma trifolii از درختان سیب در ایران | ||
پژوهش های کاربردی در گیاهپزشکی | ||
مقاله 4، دوره 10، شماره 3، مهر 1400، صفحه 41-50 اصل مقاله (1.21 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/arpp.2021.13306 | ||
نویسندگان | ||
رضا برازنده آق کاریز* 1؛ ناصر رادمان1؛ محمودرضا کریمی شهری2؛ مهدی پیرنیا3؛ عبدالحسین طاهری4؛ سیدمهدی فاطمی5 | ||
1گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل | ||
22بخش تحقیقات گیاه پزشکی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان رضوی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، مشهد، ایران. | ||
3گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل. | ||
4گروه گیاهپزشکی، داﻧﺸﮕﺎه ﻋﻠﻮم ﻛﺸﺎورزی و ﻣﻨﺎﺑﻊ ﻃﺒﻴﻌﻲ ﮔﺮﮔﺎن. | ||
5کارشناس بخش مدیریت آب و خاک، سازمان جهاد کشاورزی استان خراسان رضوی- مشهد | ||
چکیده | ||
چکیده در بازدیدهای بهار و تابستان سال 1397 از باغات درختان سیب در استان خراسان رضوی، علائم مشکوک به بیماری فیتوپلاسمایی مانند زردی، ریزبرگی، و همچنین برگ هایی که گوشوارک در آن به طور غیرعادی کشیده شده بود در سطح باغات مشاهده شد و 33 نمونه از برگ درختان جمع آوری گردید. با استفاده از آغازگرهای عمومی P1 / P7 و آغازگرهای آشیان های R16F2n / R16R2، fU5 / rU3 و R16MF2 / R16MR2 در واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) از کلیه نمونههای دارای علائم، قطعات 1800 جفت باز در PCR عمومی و در PCRهای آشیان های به ترتیب قطعات 1250، 876 و 1400 جفت باز تکثیر شدند. در نتایج حاصله مشخص گردید 18 نمونه آلوده به فیتوپلاسما مثبت بودند. محصول PCR دومرحلهای با جفت آغازگرهای R16F2n / R16R2، همسانهسازی و تعیین ترادف شده و در بانک جهانی ژن ثبت گردید. مقایسه توالی های به دست آمده با توالی های موجود در NCBI توسط نرم افزار BLAST و همچنین بررسی چند شکلی طولی قطعات برشی (RFLP) حقیقی با محصول PCR دومرحله ای با استفاده از آنزیم های AluI، RsaIو Tru1I (MseI)، نشان داد که فیتوپلاسمای همراه درختان سیب بیشترین شباهت را با Candidatus Phytoplasma trifolii مربوط به گروه افژولش شبدر (Clover proliferation group, 16SrVI) دارند. آنالیز توالی ها با استفاده از نرم افزار iPhyClassifier، تعیین میزان تشابه نوکلئوتیدی و آنالیز تبارزایی با استفاده از ترادف کامل ژن RNA ریبوزومی 16S نیز تعلق فیتوپلاسمای همراه درختان سیب در استان خراسان رضوی را در گروه 16SrVI-A تایید کرد. این اولین گزارش از سیب های آلوده به Ca. Phytoplasma trifolii در ایران و سایر نقاط جهان است. | ||
کلیدواژهها | ||
کلمات کلیدی: آنالیز فیلوژنتیکی؛ آنزیم برشی؛ چند شکلی طولی قطعات برشی؛ زردی؛ گروه 16SrVI | ||
مراجع | ||
References
Agricultural Statistics of Iran, 2018. Volume 3: Horticultural Products. Available at: https://amar.maj.ir. [accessed on 1 December 2018]. Al-Jabor K, Gharz Eddin M, 2009. Detection of apple proliferation ‘Candidatus Phytoplasma mali’ (Abstract). 7th Conference of the general commission for scientific agricultural research (GCSAR). Internet Resource: http:// www.gcsar.gov.sy/gcsarEN/spip.php?article163, [verified Nov 1, 2013]. Bertaccini A, Vibio M, Franova Honetslegrova J, Janeckova M, 1998. Molecular detection of phytoplasmas in apple with rubbery wood symptoms. Acta Horticulturae 472: 693–700. Cieślińska M, Kruczynska D, 2014. Molecular detection of phytoplasmas infecting apple trees in Poland. Horticultural Science 41: 27–33. Deng S, Hiruki C, 1991. Amplification of 16S rRNA genes from culturable and nonculturable Mollicutes. Journal of Microbiological Methods 14: 53–61. Dickinson M, Tuffen M, Hodgetts J, 2013. The phytoplasmas: an introduction. In: Dickinson M, Hodgetts J (eds). Phytoplasma:Method and Protocols. Humana press, New York. Pp. 1-14. Duduk B, Tian J, Contaldo N, Fan X, Paltrinieri S, et al., 2010. Occurrence of phytoplasmas related to stolbur and to ‘Candidatus Phytoplasma japonicum’ in woody host plants in China. Journal of Phytopathology 158(2): 100–104. Eckstein B, Regina Alves Botelho S, Luana Coelho Alves de Oliveira M, Rausch Fernandes F, Martinello Sanches M, 2017. Interception of ‘Candidatus Phytoplasma solani’ in Brazil in apple tree propagative material imported from France. Arquivos do Instituto Biológico 84: 1–4. FAOSTAT 2018. Food and Agriculture Organization of the United Nation. Internet Resource: http://faostat.fao. org/site/339/default.aspx. [accessed on 2 December 2018]. Flower CE, Hayes-Plazolles N, Slavicek JM, Rosa C, 2018. First report of ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’-related Strain of 16SrVI-A Phytoplasma Subgroup, associated with elm yellows disease in American elm (Ulmus americana L.) in Ohio, U.S.A. Plant Disease 102(2): 438–438. Gharouni Kardani S, Jamshidi E, 2018. Etiology and transmission of cowpea phyllody associated Phytoplasma in East Azarbaijan province of Iran. Journal of Plant Protection 32(2): 185–193 (in Persian with English abstract). Gundersen DE, Lee I-M, 1996 Ultrasensitive detection of phytoplasmas by nested-PCR assays using two universal primer sets. Phytopathologia Mediterranean 35:144–151. Hajizadeh A, Khakvar R, Sokhand Bashir N, Baghban B, 2016. Molecular detection of Phytoplasma associated witches’ broom disease of Russian olive in some regions of East Azerbaijan province. Journal of Applied Research in Plant Protection 5(1): 127-141 (in Persian with English abstract). Hashemi-Tameh M, Bahar M, Zirak L, 2014. Candidatus Phytoplasma asteris and Candidatus Phytoplasma aurantifolia, new phytoplasma species infecting apple trees in Iran. Journal of Phytopathology 162(7-8): 472-480. IRPCM Phytoplasma/Spiroplasma Working Team–Phytoplasma taxonomygroup, 2004. ‘Candidatus Phytoplasma,’a taxon for the wall-less, non-helicalprokaryotes that colonize plant phloem and insects. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 54(4):1243–125. doi: https://doi.org/10.1099/ijs.0.02854-0. Jamshidi E, Jafarpour B, Rouhani H, Salehi M, 2014. Association of members of clover proliferation (16SrVI) and pigeon pea witches’broom (16SrIX) phytoplasma groups with tomato big bud disease in Iran. Iranian Journal of Plant Pathology 50(2): 77–89. Jomantiene R, Davis RE, 2005. Apple sessile leaf: a new disease associated with a ‘Candidatus Phytoplasma asteris’ subgroup 16SrI-B phytoplasma in Lithuania. Plant Pathology 54(2): 237–237. Kim WK, Mauthe W, Hausner G, Klassen GR, 1990. Isolation of high molecular weight DNA and double stranded RNAs from fungi. Canadian Journal of Botany 68: 1898–1902. Križanac I, Mikec I, Budinščak Ž, Šeruga Musić M, Škorić D, 2010. Diversity of Phytoplasmas infecting fruit trees and their vectors in Croatia. Journal of Plant Diseases and Protection 117(5): 206–213. Kumar S, Stecher G, Tamura K, 2016. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution 33:1870–1874. Lee IM, Bertaccini A, Vibio M, Gundersen DE, 1995. Detection of multiple phytoplasmas in perennial fruit trees with decline symptoms in Italy. Phytopathology 85:728–735. Lee IM, Gundersen-Rindal DE, Davis RE, 1998. Revised classification scheme of phytoplasmas based on RFLP analyses of 16S rRNA and ribosomal protein gene sequences. International Journal of Systematic Bacteriology 48:1153–1169. Lee IM, Davis RE, Gundersen-Rindal DE, 2000. Phytoplasma: phytopathogenic mollicutes. Annual Review Microbiology 54: 221–255. Loi N, Carraro L, Musetti R, Firrao G, Osler R, 1995. Apple proliferation epidemics detected in scab-resistant apple trees. Journal of Phytopathology 143(10): 581–584. Lorenz KH, Schneider B, Ahrens U, Seemuller E, 1995. Detection of the apple proliferation and pear decline phytoplasmas by PCR amplification of ribosomal and nonribosomal DNA. Phytopathology 85: 771–776. Moslemkhani C, Baghaee Ravari S, Khodaygan P, 2016. Problems Encountered with nested PCR to diagnosis of Phytoplasmas. Journal of Plant Protection 29(4): 617–624 (in Persian with English abstract). Murray H.G, Thompson WF, 1980. Rapid isolation of high molecular weight DNA. Nucleic Acid Research 8: 4321–4325. Rogers SO, Rehner S, Bledsoe C, Muller GJ, Ammirati JF, 1989. Extraction of DNA from Basidiomycetes for ribosomal DNA hybridization. Candian Journal of Botany 67: 1235-1243. Salehi M, Heydarnejad J, Izadpanah K, 2005. Molecular characterization and grouping of 35 phytoplasmas from central and southern provinces in Iran. Iranian Journal of Plant Pathology 41:62–65. Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T, 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. vol. 3. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. 545 pp. Schneider B, Seemüller E, Smart CD, Kirkpatrick BC, 1995. Phylogenetic classification of plant pathogenic mycoplasma-like organisms or phytoplasmas. In: Razin S, Tully J.G (eds). Molecular and Diagnostic Procedures in Mycoplasmology. Academic Press, San Diego, California. Vol. 1, Pp. 369–380. Seemüller E, Kison H, Lorenz KH, 1998. On the geographic distribution and prevalence of the apple proliferation phytoplasma in low-intensity orchards in Germany. Journal of Plant Diseases and Protection 105: 404–410. Seemüller E, Schneider B, 2004. ‘Candidatus Phytoplasma mali’, ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ and ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’, the causal agents of apple proliferation, pear decline and European stone fruit yellows, respectively. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 54(4): 1217–1226. Sertkaya G, Martini M, Osler R, 2008. First report of Candidatus phytoplasma mali in Turkey. Journal of Plant Pathology 90:143–149. Sharbatkhari M, Bahar M, Ahoonmanesh A, 2008. Detection of the Phytoplasmal agent of pear decline in Iran, Isfahan province, using nested-PCR. International Journal of Plant Production 2:1735–8043. Zirak L, Bahar M, Ahoonmanesh A, 2009. Characterization of Phytoplasmas Aassociated with Almond diseases in Iran. Journal of Phytopathology 157: 736–741. Zirak L, Bahar M, Ahoonmanesh A, 2010. Molecular characterization of phytoplasmas associated with peach diseases in Iran. Journal of Phytopathology 158:105–110. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 820 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 532 |