فشرده‌سازی سیگنال‌های ژنوم با کمک حسگری فشرده و کاربرد آن در مقایسه دنباله‌های ژنی

[1] B. S. Jeong, A. T. M. G. Bari, M. R. Reaz, S. Jeon, C. G. Lim, and H. J. Choi, “Codon-based encoding for DNA sequence analysis,” Methods, vol. 67, no. 3, pp. 373–379, 2014.

[2] P. Hanus, J. Dingel, G. Chalkidis, and J. Hagenauer, “Compression of whole genome alignments,” IEEE Trans. Inf. Theory, vol. 56, no. 2, pp. 696–705, 2010.

[3] GenBank Growth Statistics, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/genbankstats.html

[4] S.Wandelt, M. Bux, and U. Leser, “Trends in genome compression,” Curr. Bioinform., vol. 9, no. 3, pp. 315–326, 2014.

[5] S. Arniker and H. K. Kwan, “Numerical representation of DNA sequences,” IEEE Int. Con. on Electrro/Information Technology,pp. 307–310, 2009.

[6] K. Sedlar, H. Skutkova, M. Vitek, and I. Provaznik, “Set of rules for genomic signal downsampling,” Comput. Biol. Med., vol. 69, pp. 308–314, 2016.

[7] K. Sedlar, H. Skutkova, M. Vitek, and I. Provaznik, “Prokaryotic DNA signal downsampling for fast whole genome comparison,” Inf. Technol. Biomed., vol. 3, pp. 373–383, 2014.

[8] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

[9] G. Mendizabal-Ruiz, I. Román-Godínez, S. Torres-Ramos, R. A. Salido-Ruiz, and J. A. Morales, “On DNA numerical representations for genomic similarity computation,” PLoS One, vol. 12, no. 3, pp. 1–27, 2017.

[10] T. Hoang, Ch. Yin, and S. Yau, “Numerical encoding of DNA sequences by chaos game representation with application in similarity comparision,” Genomics, vol. 108, no. 3-4, pp. 134–142, 2016.

[11] D. Anastassiou, “Genomic signal processing,” Signal Processing Magazine,vol. 18, pp. 8–20, 2001.

[12] هادی شکری و محمدحسین کهایی، «حسگری فشرده تصاویر ابرطیفی با دسته‌بندی طیفی و بازسازی با تنظیم‌کننده تغییرات کلی طیفی-مکانی»، مجله مهندسی برق دانشگاه تبریز، دوره 47، شماره 4، صفحه 1513-1521، زمستان 1396.

[13] Z. Zhang and B. D. Rao, “Extension of SBL algorithms for the recovery of block sparse signals with intra-block correlation,” IEEE Trans. Signal Process., vol. 61, no. 8, pp. 2009–2015, 2013.

[14] Z. Zhilin and B. D. Rao, “Sparse signal recovery with temporally correlated source vectors using sparse bayesian learning,” IEEE J. Selected Topics in Signal Process., vol. 5, no. 5, pp. 912–926, 2011.

[15] Z. Zhang, Sparse signal recovery exploiting spatiotemporal correlation, Ph.D. Thesis, University of California, San Diego, 2012.

[16] Z. Zhang, T. Jung and S. Makeig, “Compressed sensing for energy-efficient wireless telemonitoring of noninvasive fetal ECG via block sparse bayesian learning,” IEEE Trans. on Biomedical Engineering, vol. 60, no. 2, pp. 300–309, 2013.

[17] محمدمهدی محدث و محمدحسین کهایی، «ساخت ماتریس‌های نمونه‌برداری یقینی براساس توابع هش»، مجله مهندسی برق دانشگاه تبریز، دوره 46، شماره 4، صفحه 307-315، زمستان 1395.

[18]  رمضانی, مجیدی, مهدی‌زاده, ملکی و پوربرخورداری, اصول بیوانفورماتیک، زنجان، جامعه نگر, 1393.