Morphological and Molecular Study of Fungi Isolated from Potato Crown, Root and Tuber in Kurdistan Province | ||
| پژوهش های کاربردی در گیاهپزشکی | ||
| Article 4, Volume 7, Issue 3, December 2018, Pages 47-66 PDF (1.24 M) | ||
| Document Type: Research Paper | ||
| Authors | ||
| Soria Sepehrnush1; Jahanshir Amini* 2; Jafar Abdoulahzadeh2 | ||
| 1Former MSc Student, Dept. of Plant Protection, Faculty of Agriculture, University of Kurdistan, Sanandaj, Iran. | ||
| 2Associate Professors, Dept. of Plant Protection, Faculty of Agriculture, University of Kurdistan, Sanandaj, Iran. | ||
| Abstract | ||
| Abstract Potato is one of the major Agronomic crops in Kurdistan province. Many fungi have been reported as the causal agents of tuber, crown and root rot and canker on potato plants. The objective of this study was to identify fungal agents associated with tuber, crown and root rot and canker of potato. Samples were collected from diseased plants in East of Kurdistan (Ghorveh and Dehgolan) during cropping season in 2014. Samples were first washed under tap water and then sliced to 0.5-1 cm pieces, surface sterilized and plated on general or selective culture media. In total 151 isolates were obtained from tuber, crown and roots of infected potatoes and purified using single spore or hyphal tip. Fungal isolates were identified based on morphological and sequence data of ITS, RPB2 and TEF loci. Finally, based on morphologic characters and DNA sequence data 10 species belonging to four genera were identified including Alternaria arborescens, A. alternata, A. atra, A. embellisia, Colletotrichum coccodes, Fusarium equiseti, F. redolens, F. tricinctum, Neocosmospora rubicola and N. haematococca. Among the identified genera, Fusarium with 93 isolates was the most frequent genus. | ||
| Keywords | ||
| Keywords: Alternaria; Potato; RPB2; ITS; TEF | ||
| References | ||
|
ارشاد ج، 1388. قارچهای ایران. انتشارات مؤسسه تحقیقات گیاهپزشکی کشور. 531 صفحه. امتی ف و کریمی ع، 1381. بررسی بیماری های قارچی سیب زمینی در استان سمنان. صفحه 34، خلاصه مقالات پانزدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران، کرج. امینی ج، کاظمی م، عبداله زاده ج و درویشنیا م، 1392. شناسایی و بیماریزایی گونههای فوزاریوم مرتبط با ریشه و طوقه گوجهفرنگی در منطقهی مرودشت. دانش گیاهپزشکی ایران. جلد 44 شماره 1، صفحه های 71 تا 80. باقرآبادی ش، 1392. شناسایی گونههای آلترناریا و جنسهای دماتیاسه مشابه در استان همدان. پایان نامه کارشناسی ارشد رشته بیماریشناسی گیاهی. دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا. باقرآبادی ش، ظفری د و سلیمانی م، 1394. گزارشی از گونه های Alternaria و جنس های مشابه آن در استان همدان. تاکسونومی و بیوسیستماتیک. شماره 24، صفحه های 95 تا 112. حاجی پور جارچلور ز، قوستا ی و رضایی س، 1391. شناسایی و مطالعه بیماریزایی گونه های آلنرناریای گوجه فرنگی و سیب زمینی در استان آذربایجان غربی. دانش گیاه پزشکی ایران. شماره 1، صفحه های 155 تا 163. راه خدایی الف و فرخی نژاد ر، 1383. فوزاریوم های همراه با پژمردگی آوندی سیب زمینی در استان های فارس و خوزستان و بررسی بیماریزایی گونه های غالب آنها. صفحه 214، شانزدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران، دانشگاه تبریز، تبریز. زارع ر و ارشاد ج، 1376. گونه های فوزاریوم جداشده از غلات در منطقه گرگان. بیماری های گیاهی. جلد 33، صفحه های 1 تا 14. شریفی ک، زارع ر، زمانی زاده ح و ارجمندیان الف، 1387. بررسی گونههای فوزاریوم عامل پوسیدگی خشک سیبزمینی در استانهای اردبیل، تهران و همدان. آفات و بیماریهای گیاهی. جلد 76، شماره 2، صفحه های 20 تا 38. شریفی ک، بینائیان م و زمانیزاده ح، 1392. بررسی پراکنش و بیماریزایی قارچ Colletotrichum coccodes عامل بیماری خال سیاه سیبزمینی در کشور. اولین همایش سراسری محیط زیست، انرژی و پدافند زیستی. تهران، ایران. صارمی ح، 1367. اکولوژی و تاکسونومی گونه های فوزاریوم. انتشارات جهاد دانشگاهی. مشهد،13 صفحه. لتانی س، طاهری ع و رهنما ک، 1385. شناسایی و بیماریزایی گونه های فوزاریوم جدا شده ار ریشه و طوقه سیب زمینی منطقه گرگان. علوم کشاورزی و منابع طبیعی. جلد 13، صفحههای 13 تا 25. مرتضوی بک ا و شهسواری م، 1381. بررسی ارقام سیبزمینی به سه گونه قارچ فوزاریوم عامل پوسیدگی خشک سیب زمینی در اصفهان. آفات و بیماری های گیاهی. جلد 70، صفحههای 17 تا 25. مستوفی زاده قلمفرسا ر و بنی هاشمی ض، 1377. تشخیص و بیماریزایی فوزاریوم های سیب زمینی در جنوب شرقی استان فارس. صفحه 304، چهاردهمین کنگره گیاهپزشکی ایران، جلد 2. مستوفی زاده قلمفرسا ر، بنی هاشمی ض و تقوی م، 1385. بررسی شیوه فعالیت آنتاگونیستی سودوموناس فلورسنت فراریشه گندم و بازدارندگی آن ها در برابر فورازیوم های بیماریزای ریشه در استان فارس. بیماریهای گیاهی. جلد 42، صفحه های 33 تا 54. هاشملو ا، جمالی زواره ع و قوستا ی، 1394. شناسایی گونههای اندوفیت جنس Alternariaاز درختان میوه هسته دار در ارومیه و میاندوآب( استان آذربایجان غربی). رستنیها. جلد 16، شماره 1، صفحههای 88 تا 100. Amini J, Ershad D and Torabi M, 1998. A survey on mycoflora of wheat root in Tehran Province. P 45, Proceedings of 13th Iranian Plant Protection Congress, Karaj, Iran. Amini J, Sepehrnoosh S and Abdollahzadeh J, 2016. First report of Alternaria cantlous causing leaf spot on potato in Iran. Plant Disease 100 (3): 653. Behroozin M and Assadi P, 1994. Report on tree Fusarium species as the casual agents of the based and root rot of onion and their distribution in East Azarbaijan. Plant Pathology 30:41-49. Boff P, Jürgen Köhl J, Gerlagh M and Kraker J, 2002. Biocontrol of grey mould by Ulocladium atrum applied at different flower and fruit stages of strawberry. BioControl. 47: 193-206. Booth C, 1971. The genus Fusarium. CMI, Kew, surrey,UK. 273 p. Castañares E, Stenglein SA, Dinolfo MI and Moreno MV, 2011. Fusarium tricinctum associated with head blight on wheat in Argentina. Plant Disease 95(4): 496-496. Dickson BT, 1926. The" black dot" disease of potato. Phytopathology 16: 23- 40. Dillard HR, 1992. Colletotrichum coccodes: the pathogen and its hosts. Pp.225-236. CAB International. Gachango E, Hanson LE, Rojas A, Hao JJ and Kirk WW, 2012. Fusarium spp. causing dry rot of seed potato tubers in Michigan and their sensitivity to fungicides. Plant Disease 96(12):1767-1774. Gerlach W and Nirenberg H, 1982. The Genus Fusarium- A Pictorial Atlas, Mitt. Boil. Bondesanst., land- Forstwitsch, Berlin, Dahlem,406 p. Hooker DG, 2000. Potato Diseases. Tehran University Press, Tehran. Iran. 463 Pp. Huang H.C and Erickcon R.S, 2007. Biological control of Sclerotinia stem rot of canola using Ulocladium atrum. Plant Pathology Bulletin. 16: 55-59. Jiménez-Fernández D, Navas-Cortés JA, Montes-Borrego M, Jiménez-Díaz RM and Landa BB, 2011. Molecular and pathogenic characterization of Fusarium redolens, a new causal agent of Fusarium yellows in chickpea. Plant Disease 95(7): 860- 870. Kulik T, 2008. Detection of Fusarium tricinctum from cereal grain using PCR assay. Journal of Applied Genetics 49(3):305- 311. Lees AK and Hilton AJ, 2003. Black dot (Colletotrichum coccodes): an increasingly important disease of potato. Plant Pathology 52(1): 3- 12. Leslie JF and Summerell BA, 2006. The Fusarium Laboratory Manual. Blackwell Professional publishing, Ames, Iowa, 385 P. Lombars L, van der Merwe NA, Groenewald JZ Crous PW, 2015. Generic concepts in Nectriaceae. Studies in Mycology. 80: 189-245. Mohan SK, Davis JR, Sorensen LH and Schneider AT, 1992. Infection of aerial parts of potato plants by Colletotrichum coccodes and its effects on premature vine death and yield. American Potato Journal 69(9): 547- 559. Nasr Esfahani M, 1998. Fusarium species associated with dry rot of potato tubers in Esfahan. Iranian Journal of Plant Pathology 34: 225- 232. Nees Von Esenbeck CG, 1816-1817. Das system der pilz and schwame. Stahelschlen Buchhandlum Wurzburg. XXVIII + 329 pp. PI. I-XXVII (1816); PI. XXVII-XLIV. Nelson PE, Toussoun TA and Marasas WFO, 1983. Fusarium Species: An Illustrated Manual for Identification. The Pennsylvania Press, 193P. O’Donnell K, Kistler HC, Cigelnik E and Ploetz RC, 1998. Multiple evolutionary origins of the fungus causing Panama disease of banana: concordant evidence from nuclear and mitochondrial gene genealogies. Proceedings of the National Academy of Sciences of America 95(5): 2044- 2049. Raeder U and Broda PR, 1985. Rapid preparation of DNA from filamentous Fungi. Letters in Applied Microbiology 1: 17- 20. Raghavendra A.K.H and Newcombe G, 2013. The contribution of foliar endophytes to quantitative resistance to Melampsora rust. New Phytologist. 197: 909-918. Simmons EG, 2007. Alternaria an identification manual. CBS Fungal Biodiversity Centrel Utrecht the Netherlands. 775 P. Sun H, Gao LX and Wang B, 2013. Chemical constituents of marine mangrove-derived endophytic fungus Alternaria tenuissima EN-192. Chinese Journal of Oceanology and Limnology, 31: 464-470. Swofford DL, 2003. Phylogenetic analysis using parsimony (and other methods). Sunderland, Massachusetts Sinauer Associates. Taheri-Ardestani S, Sharifnabi B, Zare R and Abbasi Moghadam A, 2008. Two new Alternaria species on potato from Iran. 674pp. Proceeding of the 18th Iranian Plant Protection Congress, Hamadan, Iran. Theron DJ and Holz G, 1991. Prediction of potato dry rot based on the presence of Fusarium in soil adhering to tubers at harvest. Plant Disease 75(2): 126- 130. Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F and Higgins DG. 1997. The CLUSTAL_X windows interface: Flexible Strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acid Research 25: 4876– 4882. Watanabe M, Yonezawa T, Lee KI, Kumagai S, Sugita-Konishi Y, Goto K and Hara-Kudo Y, 2011. Molecular phylogeny of the higher and lower taxonomy of the Fusarium genus and differences in the evolutionary histories of multiple genes. BMC Evolutionary Biology 11: 322. White TJ, Bruns T, Lee SJWT and Taylor JW, 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR protocols: a guide to methods and applications. Academic Press, San Diego 18: 315-322. Woudenberg JHC, Groenewald JZ, Binder M and Crous PW, 2013 Alternaria redefined. Studies in Mycology 75: 171– 212. Zafari D, Mahdizadeh Naraghi R, 2008. Embellisia allii, a new record for mycoflora of Iran. Rostaniha. 32: 114-115 (in Persian). | ||
|
Statistics Article View: 1,464 PDF Download: 1,166 |
||