تعداد نشریات | 44 |
تعداد شمارهها | 1,303 |
تعداد مقالات | 16,022 |
تعداد مشاهده مقاله | 52,493,457 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 15,219,746 |
شناسایی مولکولی و تعیین جایگاه تبارزایی ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگی استان کردستان بر اساس بخشی از ژن پلیمراز | ||
پژوهش های کاربردی در گیاهپزشکی | ||
مقاله 8، دوره 7، شماره 2، شهریور 1397، صفحه 95-105 اصل مقاله (1.01 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
نویسنده | ||
محمد حاجی زاده* | ||
استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج | ||
چکیده | ||
چکیده علایم چروکیدگی و بدفرم شدن برگ در تعدادی از بوتههای توتفرنگی در مزارع توتفرنگی استان کردستان مشاهده گردید. با بررسی علایم این نمونهها احتمال داده شد که این علایم مربوط به آلودگی نمونهها به ویروس چروکیدگی توتفرنگی (Strawberry crinkle virus, SCV) باشد و برای اطمینان با آزمون RT-PCR بررسی شدند. در کل، تعداد 55 نمونهی برگی (دارای علایم و بدون علایم) طی تابستان 1396 از مناطق مختلف استان کردستان جمعآوری و RNA کل با روش سیلیکا استخراج گردید و سپس cDNA آنها با استفاده از آغازگرهای تصادفی ششتایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعهای به طول 345 جفت باز از ژن پلیمراز SCV تکثیر گردید. نتایج RT-PCR نشان داد که 9/50 درصد از نمونهها آلوده به ویروس SCV بودند. به منظور بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، هفت جدایه بر اساس منطقهی جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب شده و تعیین توالی شدند. جدایههای SCV توالییابی شده در این تحقیق به صورت یک زیرگروه مجزا در گروه تبارزایی اول قرار گرفتند. میانگین فاصلهی ژنتیکی در بین جدایههای توالییابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 005/0 ± 031/0 و با سایر جدایههای موجود در ژن بانک 014/0 ± 069/0 بود. مقایسهی دوبه دوی توالیهای نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین تشابه نوکلئوتیدی به ترتیب میان جدایه SAr6 با جدایه 4MM از آرژانتین (1/95 درصد) و جدایه S26 با جدایه HB-A1 از هلند (5/86 درصد) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توتفرنگی استان کردستان و اولین گزارش از ردیابی مولکولی این ویروس در ایران میباشد. | ||
کلیدواژهها | ||
واژه های کلیدی: آغازگرهای اختصاصی؛ استان کردستان؛ فاصله ژنتیکی؛ توتفرنگی | ||
مراجع | ||
بینام، 1394. آمارنامه محصولات باغبانی سال 1394، نشر وزارت جهاد کشاورزی، معاونت برنامهریزی و اقتصادی، مرکز فناوری اطلاعات و ارتباطات، 251 صفحه. فتاحی ف، 1383. شناسایی مولکولی ویروسهای توتفرنگی ایران و حذف آنها. پایاننامه کارشناسی ارشد بیماریشناسی گیاهی. دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس تهران. نصیری نیا ق، پوررحیم ر، الهینیا س ع، روحیبخش ا و فرزادفر ش، 1395. وقوع بیماریهای ویروسی مهم توتفرنگی در استانهای گیلان و مازندران، مجله آفات و بیماریهای گیاهی، جلد 84، شماره یک صفحههای 31 تا 42. Abay K, Ekeberg D and Skrede G, 2007. Characterization of Phenolic Compounds in Strawberry (Fragaria × ananassa) Fruits by Different HPLC Detectors and Contribution of Individual Compounds to Total Antioxidant Capacity. Journal of Agricultural and Food Chemistry 55: 4395–4406. FAO, 2012. FAOSTAT Database results from FAO website. Food and Agriculture Organization of the United Nations. Foissac X, Savalle-Dumas P, Dulucq MJ, Gentit MJ and Candresse T, 2000. Polyvalent detection of fruit tree Tricho, Capillo and Faveaviruses by nested RT-PCR using degenerated and inosine containing primers (PDO RT-PCR). Acta Horticulture 550: 37-43. Hall TA, 1999. “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT”. Nucleic Acids Symposium Series 41: 95-98. Gao R, Xu Y, Candresse T, He Z, Li S, Ma Y, Lu M, 2017. Further insight into genetic variation and haplotype diversity of Cherry virus A from China. PLOS ONE 12(10):e0186273 Garcı´a-Arenal F, Fraile A, Malpica JM, 2003. Variation and evolution of plant virus populations. International Microbiology 6: 225–232. Krczal H, 1988. Strawberry crinkle virus. Pp. 78-79 In: Smith IM, Dunez J, Lelliott RA, Phillips DH, Archer SA (eds.) European handbook of plant diseases Blackwell Scientific Publications. Oxford, UK. Klerks MM, Lindner JL, Vaˇskova D, Spak J, Thompson JR, Jelkmann W and Schoen CD, 2004. Detection and tentative grouping of strawberry crinkle virus isolates. European Journal of Plant Pathology 110: 45–52. Martin RR and Tzanetakis IE, 2006. Characterization and recent advances in detection of strawberry viruses. Plant Disease 90: 384–396. Martin RR, Tzanetakis IE, Barnes JE and Elmhirst JF, 2004. First report of Strawberry latent ringspot virus in Strawberry in USA and Canada. Plant Disease 88: 575. Menzel W, Jelkmann W and Maiss E, 2002. Detection of four apple viruses by multiplex RT-PCR assays with coamplification of plant mRNA as internal control. Journal of Virological Methods 99: 81-92. Moyer C, Whitaker VM and Peres NA, 2010. Viral Diseases of Strawberries. PP273. Gainesville: University of Florida, Institute of Food and Agricultural Sciences. (http://edis.ifas.ufl.edu/PP273). Posthuma KI, Adams AN and Hong Y, 2000. Strawberry crinkle virus, a Cytorhabdovirus needing more attention from virologists. Molecular Plant pathology 1: 331-336. Posthuma KI, Adams AN, Hong Y and Kirby MJ, 2002. Detection of Strawberry crinkle virus in plants and aphids by RT-PCR using conserved L gene sequences. Plant Pathology 51: 266–274 Postman JD, Tzanetakis IE andMartin RR, 2004. First report of Strawberry latent ringspot virus in a Mentha sp. from North America. Plant Disease 88: 907. Qin Y, Teixeira da Silva JA, Zhang L and Zhang S, 2007. Transgenic strawberry: State of the art for improved traits. Biotechnology Advances 26: 219–232. Richardson J and Sylvester ES, 1988. Successful juice inoculation of the aphid–vectored strawberry crinkle virus. California Agriculture 42: 6–7. Richardson J, Frazier NW and Sylvester ES, 1972. Rhabdovirus particles associated with strawberry crinkle virus. Phytopathology 62: 491–492. Rozas J, 2009. DNA Sequence Polymorphism Analysis using DnaSP. In Bioinformatics for DNA Sequence Analysis; Methods in Molecular Biology Series Vol. 537, ed. D. Posada, 337-350. USA: NJ, Humana Press. Schoen, CD and Leone G, 1995. Towards molecular detection of aphid-borne strawberry viruses. Acta Horticulturae 385:55–63. Sylvester ES, Richardson J and Stenger DC, 1987. Use of injected Macrosipum euphorbiae aphids as surrogate vectors for transfer of strawberry crinkle virus to Nicotiana species. Plant Disease 71: 972–975. Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A and Kumar S, 2013. MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology Evolution 30: 2725-2729. Thompson JR, Wetzel S, Klerks MM, Vasˇkova D, Schoen CD, pak JS and Jelkmann W, 2003. Multiplex RT-PCR detection of four aphid-borne strawberry viruses in Fragaria spp. in combination with a plant mRNA specific internal control. Journal of Virological Methods111(2): 85-93. Tzanetakis IE, 2010. Emerging strawberry virus and virus-like diseases in the world. P. 427. 21st International conference on virus and other graft transmissible diseases of fruit crops. Neustadt, Germany. Van Regenmortel MHV, Fauquet CM, Bishop DHL, Carstens EB, Estes MK, Lemon SM, McGeoch DJ, Maniloff J, Mayo MA, Pringle CR, Wickner RB, 2000. Virus Taxonomy, Seventh Report of the International Committee on Taxonomy of Plant Viruses. New York, USA: Academic Press. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 697 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 649 |