
تعداد نشریات | 45 |
تعداد شمارهها | 1,361 |
تعداد مقالات | 16,732 |
تعداد مشاهده مقاله | 53,986,390 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 16,671,698 |
پویش کل ژنوم نشانه های انتخاب در گاو هلشتاین، نجدی و آمیخته های هلشتاین-نجدی | ||
پژوهش های علوم دامی (دانش کشاورزی) | ||
دوره 34، شماره 4، اسفند 1403، صفحه 107-120 اصل مقاله (842.44 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/as.2024.60843.1734 | ||
نویسندگان | ||
محمدرضا زرگر* 1؛ محمدتقی نصیری بیگی2؛ محمد باقر زندی3 | ||
1گروه علوم دامی دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان | ||
2گروه علوم دامی دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی دانشگاه کشاورزی و منایع طبیعی رامین خوزستان | ||
3گروه علوم دامی دانشکده علوم دامی دانشگاه زنجان | ||
چکیده | ||
چکیده: برای محافظت از نژادهای بومی به منظور حفظ تنوع ژنتیکی، نگهداری حیوان در محل زندگی خود است چرا که هزینه محافظت از ذخایر ژنتیکی بالا بوده و امکان حفظ همه ذخایر ژنتیکی در آزمایشگاهها و موسسات تحقیقاتی ممکن نیست. هدف از این تحقیق شناسایی نشانههای انتخاب در گاو هلشتاین، نجدی و آمیخته های آن ها در گله های استان خوزستان بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی 209 نمونه گاو شامل 21، 128 و 60 نمونه به ترتیب از نژادهای هلشتاین، نجدی و آمیخته های هلشتاین-نجدی آنها استفاده شد که با بکارگیری آرایه های Genotyping Array 30K تعیین ژنوتیپ شدند. در این مطالعه نشانههای انتخاب با استفاده از دو سری از روشها مورد بررسی قرار گرفت که در دو روش( FST و Hapflk) به صورت چند جمعیتی و دوروش دیگر(iHS, nSL) به صورت تک جمعیتی عمل میکند. در دو روش اول که چند جمعیتی بودند نقاطی بر روی کروموزوم های 8، 14، 16 و 24 شناسایی شدند که کروموزوم 16 در هر دو روش مشترک بود. برخی از مناطق شناسایی شده با آماره های FST و Hapflk به صورت مستقیم و یا غیر مستقیم با صفات تولید شیرو تولید مثل در گاو در ارتباط هستند. در دو روش دوم که تک جمعیتی بودند نقاطی بر روی کروموزوم های شماره 3، 4، 7، 10 و 15 بودند که کروموزوم شماره 3 در هر دوروش مشترک بود. برخی از مناطق شناسایی شده با آماره های nSL و iHS به طور مستقیم و غیر مستقیم با صفات رشد، تولید مثل ، سیستم ایمنی وسایر صفات مرتبط با آنها ارتباط دارند .ولی از مجموع 59 ژن شناسایی شده توسط چهار روش مورد استفاده دو ژن ,IQCA1, ACKR3 به طور مشترک توسط آماره iHS و nSL شناسایی شدند. ضمناٌ میتوان نتیجه گرفت که انتخاب طی سالیان گذشته به طور کلی بر روی صفاتی متمرکز شده است که ضمن افزایش مقاومت دامها به شرایط محیطی محل زندگی بر روی افزایش راندمان تولید نیز موثر بوده است. | ||
کلیدواژهها | ||
هلشتاین؛ نجدی؛ نشانههای انتخاب؛ hapFLK؛ iHS و nSL | ||
مراجع | ||
Barendse W, Harrison BE,Bunch RJ,Thomas MB and Turner LB, 2009. "Genome wide signatures of positive selection: the comparison of independent samples and the identification of regions associated to traits." BMC Genomics 10(1): 1-15.
Bastin B, Houser A, Bagley C, Ely K, Payton R, Saxton A, Schrick F, Waller J and Kojima C 2014. "A polymorphism in XKR 4 is significantly associated with serum prolactin concentrations in beef cows grazing tall fescue." Animal Genetics 45(3): 439-444.
Boitard S, Boussaha M, Capitan A, Rocha D and Servin B 2016. "Uncovering adaptation from sequence data: lessons from genome resequencing of four cattle breeds." Genetics 203(1): 433-450.
Bonhomme M, Chevalet C, Servin B, Boitard S, Abdallah J, Blott S and SanCristobal M 2010. "Detecting selection in population trees: the Lewontin and Krakauer test extended." Genetics 186(1): 241-262.
Brito L F, Kijas J W, Ventura R V, Sargolzaei M, Porto-Neto L R, Cánovas A, Feng Z, Jafarikia M and Schenkel F S 2017. "Genetic diversity and signatures of selection in various goat breeds revealed by genome-wide SNP markers." BMC Genomics 18: 1-20.
Browning B L, Tian X, Zhou Y and Browning S R 2021. "Fast two-stage phasing of large-scale sequence data." The American Journal of Human Genetics 108(10): 1880-1890.
Daetwyler H D, Pong-Wong R, Villanueva B and Woolliams J A 2010. "The impact of genetic architecture on genome-wide evaluation methods." Genetics 185(3): 1021-1031.
Esmailizadeh A, Bottema C, Sellick G, Verbyla A, Morris C, Cullen N and Pitchford W 2008. "Effects of the myostatin F94L substitution on beef traits." Journal Of Animal Science 86(5): 1038-1046.
Fariello M I, Boitard S, Naya H, SanCristobal M and Servin B 2013. "Detecting signatures of selection through haplotype differentiation among hierarchically structured populations." Genetics 193(3): 929-941.
Frogameri N, Asadifozi M and Esamelizade A 2015. " Scanning the whole genome of eight breeds of native Iranian cattle to identify selection markers" Jornal of Animal Production 18(2): 201-213.
Glyakina A V, Strizhov N I, Karpov M V, Dovidchenko N V, Matkarimov B T, Isaeva L V, Efimova V S, Rubtsov M A, Novikova L A and Donova M V 2019. "Ile351, Leu355 and Ile461 residues are essential for catalytic activity of bovine cytochrome P450scc (CYP11A1)." Steroids 143: 80-90.
Hou J, Qu K, Jia P, Hanif Q, Zhang J, Chen N, Dang R, Chen H, Huang B and Lei C 2020. "A SNP in PLAG1 is associated with body height trait in Chinese cattle." Animal Genetics 51(1): 87-90.
Hudson R R, Bailey K, Skarecky D, Kwiatowski J and Ayala F J 1994. "Evidence for positive selection in the superoxide dismutase (Sod) region of Drosophila melanogaster." Genetics 136(4): 1329-1340.
Kemper K E, Saxton S J, Bolormaa S, Hayes B J and Goddard M E 2014. "Selection for complex traits leaves little or no classic signatures of selection." BMC Genomics 15(1): 1-14.
Kijas J W, Porto‐Neto L, Dominik S, Reverter A, Bunch R, McCulloch R, Hayes B J, Brauning R, McEwan J and Consortium I S G 2014. "Linkage disequilibrium over short physical distances measured in sheep using a high‐density SNP chip." Animal Genetics 45(5): 754-757.
Kuehn L, Keele J, Bennett G, McDaneld T, Smith T, Snelling W, Sonstegard T and Thallman R 2011. "Predicting breed composition using breed frequencies of 50,000 markers from the US Meat Animal Research Center 2,000 Bull Project." Journal Of Animal Science 89(6): 1742-1750.
Liu H, Xu G, Yuan Z, Dong Y, Wang J and Lu W 2017. "Effect of kisspeptin on the proliferation and apoptosis of bovine granulosa cells." Animal Reproduction Science 185: 1-7.
MacEachern S, Hayes B, McEwan J and Goddard M 2009. "An examination of positive selection and changing effective population size in Angus and Holstein cattle populations (Bos taurus) using a high density SNP genotyping platform and the contribution of ancient polymorphism to genomic diversity in Domestic cattle." BMC Genomics 10(1): 1-19.
Manunza A, Cardoso T F, Noce A, Martínez A, Pons A, Bermejo L A, Landi V, Sànchez A, Jordana J, Delgado J V, Adán S, Capote J, Vidal O, Ugarte E, Arranz J J, Calvo J H, Casellas J and Amills M 2016. "Population structure of eleven Spanish ovine breeds and detection of selective sweeps with BayeScan and hapFLK." Scientific Reports 6(1): 1-10.
Mokhber M, Shahrbabak M M, Sadeghi M, Shahrbabak H M and Williams J 2015. "Genome-wide survey of signature of positive selection in Khuzestani and Mazandrani buffalo breeds." Iranian Journal Of Animal Science (IJAS) 46(2): 119-131.
Moradi M H, Nejati-Javaremi A, Moradi-Shahrbabak M, Dodds K G and McEwan J C 2012. "Genomic scan of selective sweeps in thin and fat tail sheep breeds for identifying of candidate regions associated with fat deposition." BMC Genetics 13(1): 1-15.
Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira M A, Bender D, Maller J, Sklar P, De Bakker P I and Daly M J 2007. "PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses." The American Journal Of Human Genetics 81(3): 559-575.
Qanbari S, Gianola D, Hayes B, Schenkel F, Miller S, Moore S, Thaller G and Simianer H 2011. "Application of site and haplotype-frequency based approaches for detecting selection signatures in cattle." BMC Genomics 12(1): 1-12.
Qanbari S, Strom T M, Haberer G, Weigend S, Gheyas A A, Turner F, Burt D W, Preisinger R, Gianola D and Simianer H 2012. "A high resolution genome-wide scan for significant selective sweeps: an application to pooled sequence data in laying chickens." PloS One 7(11): 1-12.
Sabeti P C, Reich D E, Higgins J M, Levine H Z, Richter D J, Schaffner S F, Gabriel S B, Platko J V, Patterson N J and McDonald G J 2002. "Detecting recent positive selection in the human genome from haplotype structure." Nature 419(6909): 832-837.
Sabeti P C, Schaffner S F, Fry B, Lohmueller J, Varilly P, Shamovsky O, Palma A, Mikkelsen T, Altshuler D and Lander E 2006. "Positive natural selection in the human lineage." Science 312(5780): 1614-1620.
Sakamoto Y, Hasegawa K, Moriwaki S, Hara Y, Hamada Y and Sasaki S 2020. "A long‐term study of the effects of SLC12A1 homozygous mutation (g. 62382825G> A, p. Pro372Leu) in Japanese Black cattle." Animal Science Journal 91(1): 1-12.
Smith J M and Haigh J 1974. "The hitch-hiking effect of a favourable gene." Genetics Research 23(1): 23-35.
Smith T P, Grosse W M, Freking B A, Roberts A J, Stone R T, Casas E, Wray J E, White J, Cho J and Fahrenkrug S C 2001. "Sequence evaluation of four pooled-tissue normalized bovine cDNA libraries and construction of a gene index for cattle." Genome Research 11(4): 626-630.
Stella A, Ajmone-Marsan P, Lazzari B and Boettcher P 2010. "Identification of selection signatures in cattle breeds selected for dairy production." Genetics 185(4): 1451-1461.
Szpiech Z A and Hernandez R D 2014. "selscan: an efficient multithreaded program to perform EHH-based scans for positive selection." Molecular Biology And Evolution 31(10): 2824-2827.
Tang K, Thornton K R and Stoneking M 2007. "A new approach for using genome scans to detect recent positive selection in the human genome." PLoS Biology 5(7): 1587-1602.
Thue T and Buchanan F 2003. "Linkage mapping of FBN1 to bovine chromosome 11 " Animal Genetic 34(2): 149-160.
Tripathi A K, Koringa P G, Jakhesara S J, Ahir V B, Ramani U V, Bhatt V D, Sajnani M R, Patel D A, Joshi A J and Shanmuga S J 2012. "A preliminary sketch of horn cancer transcriptome in Indian zebu cattle." Gene 493(1): 124-131.
VanRaden P M (2008). "Efficient methods to compute genomic predictions." Journal Of Dairy Science 91(11): 4414-4423.
Voight B F, Kudaravalli S, Wen X and Pritchard J K 2006. "A map of recent positive selection in the human genome." PLoS Biology 4(3): 446-458.
Weir B S and Cockerham C C 1984. "Estimating F-statistics for the analysis of population structure." Evolution: 1358-1370.
Zimin A V, Delcher A L, Florea L, Kelley D R, Schatz M C, Puiu D, Hanrahan F, Pertea G, Van Tassell C P and Sonstegard T S 2009. "A whole-genome assembly of the domestic cow, Bos taurus." Genome Biology 10: 1-10. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 134 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 46 |