مقایسه وابستگی اتصال ترکیبات سیاه‌دانه و شیرین بیان با رمدسیویر بر Mpro سارس کرونا ویروس2 با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده

[1]          Chan J., Lau S., To K., Cheng V., Woo P., Yuen K., Middle East Respiratory syndrome coronavirus: Another zoonotic betacoronavirus causing SARS-like disease, Clin. Microbiol. Rev, Vol. 28, pp. 465–522, 2015.

[2]          Tang X., Wu C., Li X., Song Y., Yao X., Wu X., Duan D., Zhang H., Wang Y., Qian Z., Cui J., On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 National Science Review Oxford Academic, Natl. Sci. Rev, 2020.

[3]          Sindambiwe J., Calomme M., Cos P., Totté J., Pieters L., Vlietinck A., Vanden Berghe D., Screening of seven selected Rwandan medicinal plants for antimicrobial and antiviral activities, Ethnopharmacol, Vol. 65  pp. 71–77, 1999.

[4]               ح. منوری، ر. همکار، ز. نوروز بابایی، ل. ادیبی، م. نوروزی، ع. ضیائی، بررسی اثرات ضدویروسی بیست‌وپنج گونه از تیره‌های مختلف گیاهان دارویی ایران, مجله میکروب‌شناسی پزشکی ایران، د. 1، ش. 2، ص. 49-59، 1386.

[5]          Huang F., Li Y., Leung E.L.H., Liu X., Liu K., Wang Q., Lan Y., Li X., Yu H., Cui L., Luo H., Luo L., A review of therapeutic agents and Chinese herbal medicines against SARS-COV-2 (COVID-19), Pharmacol. Res, Vol. 158 ,2020.

 [6]         Srivastava V., Yadav A., Sarkar P., Molecular docking and ADMET study of bioactive compounds of Glycyrrhiza glabra against main protease of SARS-CoV2, Mater. Today Proc, pp. 2999–3007,2020.

[7]          Nelson, Cox, Principles of Biochemistry Lehninger, Chinese Journal of Integrative Medicine, Vol. 17, pp. 631-634, 2011.

[8]          Stoermer M., Homology Models of Coronavirus 2019-nCoV 3CLpro Protease, Biol. Med. Chem, pp. 1–11, 2020.

[9]          Pal S., Chowdhury T., Paria K., Manna S., Parveen S., Singh M., Sharma P., Islam S.S., Abu Imam Saadi S.M., Mandal S.M., Brief survey on phytochemicals to prevent COVID-19, Indian Chem. Soc, Vol. 99, 2022.

[10]        S. Bharadwaj, E.I. Azhar, M.A. Kamal, L.H. Bajrai, A. Dubey, K. Jha, U. Yadava, S.G. Kang, V.D. Dwivedi, SARS-CoV-2 Mpro inhibitors: identification of anti-SARS-CoV-2 Mpro compounds from FDA approved drugs, Biomol. Struct. Dyn. Vol. 40 ,pp. 2769–2784, 2022.

[11]        Pant S., Singh M., Ravichandiran V., U.S.N. Murty, H.K. Srivastava, Peptide-like and small-molecule inhibitors against Covid-19, J. Biomol. Struct. Dyn. pp. 1–10, 2020.

[12]        Ancy I., Sivanandam M., Kumaradhas P., Possibility of HIV-1 protease inhibitors-clinical trial drugs as repurposed drugs for SARS-CoV-2 main protease: a molecular docking, molecular dynamics and binding free energy simulation study, Biomol. Struct. Dyn, pp. 1–8, 2020.

[13]         ص. صادق زاده، م. حبیب نژاد کورایم، مدل‌سازی و کنترل تغییر شکل سوزن نانوربات AFM در عملیات نانومنیپولیشن خودکار، مهندسی مکانیک دانشگاه تبریز، ش. 1، ص. 169-178، 1396.

[14]         ر. هنرخواه, ی. بخشان, م. رحمتی, ج. خورشیدی, بررسی جریان و خواص ترموفیزیکی نانوسیال ها در نانوکانال با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی, مهندسی مکانیک دانشگاه تبریز، ش. 3، ص. 365-374، 1398.

[15]        Huynh T., Wang H., Cornell W., Luan B., In Silico Exploration of Repurposing and Optimizing Traditional Chinese Medicine Rutin for Possibly Inhibiting SARS-CoV-2’s Main Protease, Biol. Med. Chem, pp. 1–20, 2020.

[16]        Rowaiye A.B., Onuh O.A., Sunday R.M., Structure-based Virtual Screening and Molecular Dynamic Simulation Studies of the Natural Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease, J. Ongoing , 2020.

[17]        Salim B., Noureddine M., Identification of Compounds from Nigella Sativa as New Potential Inhibitors of 2019 Novel Coronasvirus (Covid-19): Molecular Docking Study., ChemRxiv. Vol. 19, pp. 1–12, 2020.

[18]        Ghosh R., Chakraborty A., Biswas A., Chowdhuri S., Evaluation of green tea polyphenols as novel corona virus (SARS CoV-2) main protease (Mpro) inhibitors–an in silico docking and molecular dynamics simulation study, Biomol. Struct. Dyn. Vol. 39, pp.4362–4374, 2021.

[19]        Khan S., Siddiqui F., Jain S., Sonwane G., Discovery of Potential Inhibitors of SARS-CoV-2 (COVID-19) Main Protease (Mpro) from Nigella Sativa (Black Seed) by Molecular Docking Study, Coronaviruses,  Vol. 2  pp. 384–402, 2020.

[20]        Ahmad S., Abbasi H., Shahid S., Gul S., Abbasi S., Molecular docking, simulation and MM-PBSA studies of nigella sativa compounds: a computational quest to identify potential natural antiviral for COVID-19 treatment, J. Biomol. Struct. Dyn. Vol. 39,  pp. 4225–4233, 2021.

[21]        Nguyen H., Thai N., Truong D., Li M., Remdesivir Strongly Binds to Both RNA-Dependent RNA Polymerase and Main Protease of SARS-CoV-2: Evidence from Molecular Simulations., Phys. Chem. B, 2020.

[22]         م. عبیدی، ر. سهیلی فرد، ر. حسن­زاده قاسمی، بررسی اثر دما بر وابستگی اتصال رمدسیویر به آنزیم RdRp ویروس سارس-کووید-۲ با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده., مجله کنترل، ش. 5 ، ص. 39–47، 1399.

[23]        Maymand V., Bavi O., Karami A., Probing the mechanical properties of ORF3a protein , a transmembrane channel of SARS-CoV-2 virus : Molecular dynamics study, Chem. Phys. Vol. 569, pp. 111859, 2023.

[24]        Bavi N., Bavi O., Vossoughi M., Naghdabadi R., Hill A., Martinac B., Nanomechanical properties of MscL α helices : A steered molecular dynamics study, Channels. Vol. 11, pp. 209–223, 2017.