تعداد نشریات | 44 |
تعداد شمارهها | 1,303 |
تعداد مقالات | 16,021 |
تعداد مشاهده مقاله | 52,491,635 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 15,218,450 |
ردیابی، تحلیل تبارزایی و آنالیز ژنتیک جمعیت ویروس ساقه شیاری سیب بر اساس ژن پروتئین پوششی | ||
پژوهش های کاربردی در گیاهپزشکی | ||
دوره 11، شماره 2، خرداد 1401، صفحه 67-78 اصل مقاله (1.25 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/arpp.2022.14886 | ||
نویسندگان | ||
مهسا محمدلو1؛ داود کولیوند* 1؛ محمد حاجی زاده2 | ||
1گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران. | ||
2گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران. | ||
چکیده | ||
چکیده ویروس ساقه شیاری سیب (Apple stem grooving virus (ASGV)) یکی از ویروسهای مهم درختان سیب است. در تحقیق حاضر به منظور ردیابی این ویروس، 87 نمونه مشکوک از برگ و پوست درختان سیب دارای علائم و فاقد علائم از مناطق غربی و جنوب غربی استان زنجان و شرق استان کردستان نمونه برداری انجام شد. پس از استخراج آرانای کل از 50 نمونه از بین نمونه های جمع آوری شده، ساخت دیانای مکمل با استفاده از آغازگر معکوس طراحی شده منطبق بر ژن کامل پروتئین پوششی انجام شد. در واکنش زنجیرهای پلیمراز، قطع های به طول 728 جفت باز مربوط به ژن کامل پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب در 12 نمونه از باغات مختلف از منطقه زنجان و بیجار استان کردستان تکثیر شد. 9 محصول پیسیار برای تعیین توالی انتخاب شد، از 9 محصول پیسیآر انتخاب شده چهار نمونه به صورت همسانه سازی شده در پلاسمید pTG19 و پنج محصول پیسی آر بصورت مستقیم توالی یابی شدند. نتایج تعیین توالی و مقایسه با پایگاه دادههای بانک ژن نشان داد قطعات تکثیر یافته در پیسی آر مربوط به ژن پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب است. آنالیز تبارزائی جدایه های تعیین توالی شده و توالیهای به دست آمده از بانک ژن با استفاده از نرمافزار MEGA 7 و روش Neighbor Joining (NJ) و مدل Jukes Cantor نشان داد که جدایه های ایرانی تازه ردیابی شده با جدایه هایی از ایران، هند، کره جنوبی و چین در یک خوشه قرار می گیرند. نتایج بررسی جهش ها نشان داد dN/dS جدایه های ایرانی نسبت به سایر جدایه ها کمتر است و بیشترین تبادل ژنی جدایه های ایرانی با جدایه های کره جنوبی و چین است. این اولین گزارش از این ویروس در منطقه زنجان است. | ||
کلیدواژهها | ||
کلمات کلیدی: آنالیز تبارزائی؛ زنجان؛ کردستان؛ کاپیلوویروس | ||
مراجع | ||
References
Adams M, Antoniw J, Bar-Joseph M, Brunt A, Candresse T, et al., 2004. Virology Division News: The new plant virus family Flexiviridae and assessment of molecular criteria for species demarcation. Archives of Virology 149: 1045–1060. Amiri Sadeghan A, Shams-Bakhsh M, Yakhchali B, 2013. Expression of Citrus tristeza virus coat protein gene in Escherichia coli. Journal of Crop Protection 2: 387–393. Barbieri MR, Carvalho MGd, Zambolim EM, Zerbini FM, 2004. Expression in Escherichia coli of the capsid protein of Watermelon mosaic virus and production of specific antiserum. Fitopatologia Brasileira 29: 215–219. Chen J, Xiong J, Yang J, Mao Z, Chen X, 2011. Nucleotide sequences of four RNA segments of a reovirus isolated from the mud crab Scylla serrata provide evidence that this virus belongs to a new genus in the family Reoviridae. Archives of Virology 156: 523–528. Chung C, Niemela SL, Miller RH, 1989. One-step preparation of competent Escherichia coli: transformation and storage of bacterial cells in the same solution. Proceedings of the National Academy of Sciences 86: 2172–2175. Cieślińska M, Borisova A, Komorowska B, 2007. Some molecular properties of several isolates of Apple chlorotic leaf spot virus from Bulgaria. Journal of Fruit and Ornamental Plant Research 15: 125–131. Fajardo TV, Barros DR, Nickel O, Kuhn GB, Zerbini FM, 2007. Expression of Grapevine leafroll-associated virus 3 coat protein gene in Escherichia coli and production of polyclonal antibodies. Fitopatologia Brasileira 32: 496–500. Gulati-Sakhuja A, Sears JL, Nunez A, Liu H-Y, 2009. Production of polyclonal antibodies against Pelargonium zonate spot virus coat protein expressed in Escherichia coli and application for immunodiagnosis. Journal of Virological Methods 160: 29–37. Hailstones DL, Bryant KL, Broadbent P, Zhou C, 2000. Detection of Citrus tatter leaf virus with reverse transcription-polymerase chain reaction (RTPCR). Australasian Plant Pathology 29: 240–248. Hull R, 2013. Plant virology, Academic press. James D. 2008. Apple stem grooving virus. Characterization, Diagnosis and Management of Plant Viruses, Horticultural Crops. Texas 2: 37–53. Keshavarz T, Hajinajar H, 2021. Evaluation of apple cultivars to four pome fruit viruses in Iranian National Collection of Kamalshahr Horticulture Research Station, Karaj. Archives of Phytopathology and Plant Protection, 54: 918–932. King AM, Lefkowitz E, Adams MJ, Carstens EB, 2011. Virus taxonomy: ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, Elsevier, USA. 1327 pp. Kumari S, Makkouk K, Katul L, Vetten H, 2001. Polyclonal antibodies to the bacterially expressed coat protein of Faba bean necrotic yellows virus. Journal of Phytopathology 149: 543–550. Kumar S, Stecher G, Tamura K, 2015. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0. Molecular Biology and Evolution 33:1870-1874. Lima JAA, Nascimento AKQ, Radaelli P, Purcifull DE, 2012. Serology applied to plant virology. Serological diagnosis of certain human, animal and plant diseases. Rijeka, Croatia: InTech 1: 71–94. Ling K-S, Zhu H-Y, Jiang Z-Y, Gonsalves D, 2000. Effective application of DAS-ELISA for detection of grapevine leafroll associated closterovirus-3 using a polyclonal antiserum developed from recombinant coat protein. European Journal of Plant Pathology 106: 301–309. Lister RM, Bancroft JB, Nadakavukaren MJ, 1965. Some sap-transmissible viruses from apple. Phytopathology 55: 859–870. Magome H, Yoshikawa N, Takahashi T, Ito T, Miyakawa T, 1997. Molecular variability of the genomes of Capilloviruses from apple, Japanese pear, European pear, and citrus trees. Phytopathology 87: 389–396. Magome H, Yoshikawa N, Takahashi T, 1999. Single-strand conformation polymorphism analysis of apple stem grooving capillovirus sequence variants. Phytopathology 89: 136–140. Menzel W, Jelkmann W, Maiss E, 2002. Detection of four apple viruses by multiplex RT-PCR assays with coamplification of plant mRNA as internal control. Journal of Virological Methods 99: 81–92. Menzel W, Zahn V, Maiss E, 2003. Multiplex RT-PCR-ELISA compared with bioassay for the detection of four apple viruses. Journal of Virological Methods 110: 153–157. Mutasa‐Gottgens E, Chwarszczynska D, Halsey K, Asher M, 2000. Specific polyclonal antibodies for the obligate plant parasite Polymyxa-a targeted recombinant DNA approach. Plant Pathology 49: 276–287. Nickel O, Targon ML, Fajardo TV, Machado MA, Trivilin AP, 2004. Polyclonal antibodies to the coat protein of Apple stem grooving virus expressed in Escherichia coli: production and use in immunodiagnosis. Fitopatologia Brasileira 29: 558–562. Rana T, Chandel V, Hallan V, Zaidi AA, 2011. Expression of recombinant Apple chlorotic leaf spot virus coat protein in heterologous system: production and use in immunodiagnosis. Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology 20: 138–141. Rozas J, 2009. DNA Sequence Polymorphism Analysis using DnaSP. In: Posada D 204 (editor), Bioinformatics for DNA sequence analysis; methods in molecular biology series. Humana 205 Press, NJ, USA, pp. 337–355. Shim H, Min Y, Hong S, Kwon M, Kim D, et al., 2004. Nucleotide sequences of a Korean isolate of Apple stem grooving virus associated with black necrotic leaf spot disease on pear (Pyrus pyrifolia). Molecules & Cells 18: 192-199. Sutton TB, Aldwinckle HS, Agnello AM, Walgenbach JF, 2014. Compendium of apple and pear diseases and pests, American Phytopathological Society. Tatineni S, Sarath G, Seifers D, French R, 2013. Immunodetection of Triticum mosaic virus by DAS-and DAC-ELISA using antibodies produced against coat protein expressed in Escherichia coli: potential for high-throughput diagnostic methods. Journal of Virological Methods 189: 196–203. Welsh M, Uyemoto J, 1980. Differentiation of syndromes caused in apple by graft-transmissible, xylem-affecting agents. Phytopathology 70: 349–352.
| ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 858 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 441 |