آمار
| تعداد نشریات | 45 |
| تعداد شماره‌ها | 1,374 |
| تعداد مقالات | 16,884 |
| تعداد مشاهده مقاله | 54,339,384 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 17,042,367 |
تخمین پارامترهای اندازه مؤثر جمعیت و ضریب همخونی مبتنی بر اطلاعات تراشه‌های ژنومی در گاوهای هلشتاین ایران | ||
| پژوهش های علوم دامی (دانش کشاورزی) | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 19 خرداد 1404 | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/as.2025.65489.1771 | ||
| نویسندگان | ||
| روناک صالحی1؛ آرش جوانمرد2؛ مهدی مخبر* 3؛ صادق علیجانی4 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی ، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. | ||
| 2دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی ، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران | ||
| 4گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی ، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران | ||
| چکیده | ||
| چکیده زمینه مطالعاتی: امروزه، بررسی ساختارهای جمعیتی هر گونه‌ی جانوری نقش حیاتی در جلوگیری از کاهش تنوع ژنتیکی و حفظ دینامیک جمعیت مورد مطالعه دارد. همچنین، اطلاعات استخراج شده می‌تواند به اجرای برنامه‌ی اصلاح نژادی در آن جمعیت کمک کند. هدف: در این پژوهش ساختار عدم تعادل پیوستگی ( LD)، اندازه‌ی مؤثر جمعیت و همخونی جمعیت‌های گاوهای هلشتاین ایران مورد بررسی قرار گرفت. روش‌کار: برای این پژوهش، داده‌های ژنومی 68 رأس گاو هلشتاین ایران از دو مجموعه داده استفاده شد. کنترل کیفی و غربالگری داده‌ها با نرم‌افزار Plink انجام گرفت. در این فرآیند، جایگاه‌های ژنی و حیوانات با بیش از 5درصد داده گمشده، نشانگرهای SNP با فراوانی اللی کمتر از 5درصد و نشانگرهای SNP خارج از تعادل هاردی-واینبرگ (HWE) حذف شدند. در نهایت، داده‌های ژنومی سری اول (IRI-S1) با 41 رأس و سری دوم (IRI-S2) با 25 رأس برای تجزیه و تحلیل‌ها با 40,105 و 41,535 نشانگر SNP مورد استفاده قرار گرفت. مقادیر r² تصحیح شده تا فاصله 40 مگاباز و اندازه مؤثر جمعیت (Ne) در نسل‌های پیشین و حاضر با نرم‌افزار SNeP ver1.1 محاسبه شد. همچنین، ضرایب همخونی با چهار روش مختلف (FGRM، FHOM، FUNI و FROH) با استفاده از نرم‌افزارهای GCTA و PLINK ver1.9 محاسبه گردید. نتایج: مقادیر r² برای جمعیت‌های IRI-S1 و IRI-S2 به ترتیب 311/0 و 268/0 بود برای فاصله 43/34 مگاجفت‌باز به ترتیب به 03/0 و 047/0 کاهش یافت، این نشان‌دهنده کاهش فاز LD با افزایش فاصله بین نشانگرها است. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) در نسل حاضر برای IRI-S1 و IRI-S2 به ترتیب 121 و 130 بود و کمترین مقدار Ne مربوط به پنج نسل پیشین، به ترتیب 103 و 99 بود. ضرایب همخونی با روش‌های FGRM، FHOM و FUNI برای جمعیت IRI-S1 برابر 035/0 و برای IRI-S2 در بازه 036/0 تا 047/0 بود. همچنین، بالاترین مقدار همخونی مبتنی بر FROH در IRI-S1 (095/0) و IRI-S2 (091/0) برای MAF کمتر از 01/0 به‌دست آمد. این نتایج نشان می‌دهند که با کاهش MAF، همخونی افزایش یافته و با افزایش MAF از 01/0 به 02/0، مقادیر FROH کاهش می‌یابد. نتیجه‌گیری نهایی: نتایج حاکی از کاهش معنادار عدم تعادل پیوستگی با افزایش فاصله نشانگرها در جمعیت‌های مورد مطالعه است. این روند کاهشی با مطالعات پیشین در نژادهای مختلف گاو و طیور همسوست که ناشی از تأثیر تاریخچه جمعیتی و برنامه‌های اصلاح نژاد است. اندازه مؤثر جمعیت در نسل‌های اخیر به‌طور چشمگیری کاهش یافته و در مقایسه با نژادهای بومی ایران (۱۵۰-200 رأس) پایین‌تر، اما بالاتر از برخی نژادهای اصیل است. سطح همخونی در ایران پایین‌تر از هلشتاین‌های کانادا و آمریکا گزارش شد، اما روند افزایشی سریع‌تری دارد. برای حفظ تنوع ژنتیکی و کنترل همخونی، استفاده از راهبردهای ژنومی (مانند مدیریت جفت‌گیری مبتنی بر ROH، افزایش تنوع گاوهای نر مولد) و پایش مستمر Ne ضروری است. این یافته‌ها زمینه‌ساز بهینه‌سازی برنامه‌های اصلاح نژاد در ایران به‌شمار می‌رود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| اندازه مؤثر جمعیت؛ عدم تعادل پیوستگی؛ همخونی و گاو هلشتاین | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1 |
||