آمار
| تعداد نشریات | 45 |
| تعداد شمارهها | 1,477 |
| تعداد مقالات | 18,019 |
| تعداد مشاهده مقاله | 58,384,382 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 19,805,140 |
مطالعه جامع ژنهای غیرکدکننده بلند مرتبط با سندرم آسیت طیور | ||
| پژوهش های علوم دامی (دانش کشاورزی) | ||
| دوره 34، شماره 2، شهریور 1403، صفحه 31-44 اصل مقاله (756.98 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/as.2024.57278.1713 | ||
| نویسندگان | ||
| مینا آقازاده1؛ سید عباس رافت* 2؛ آرش جوانمرد2؛ کریم حسن پور1 | ||
| 1گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز | ||
| 2گروه علوم دامی دانشگاه تبریز | ||
| چکیده | ||
| اهداف: سندرم آسیت ، عارضهای است که معمولا، در جوجههای گوشتی در حال رشد در تمام نقاط دنیا رخ می-دهد واین بیماری یکی از علل مهم تلفات در بسیاری از گلهها میباشد. درسببشناسی این عارضه درپرندگان حساس نسبت به پرندگان مقاوم، علاوه بر فاکتورهای محیطی، پروفایل بیان متفاوت ژنها احتمالا، در حین یا قبل از بروز بیماری دخیل میباشد. همچنین، عامل این تفاوت بیان ژن، ممکن است تحت تاثیر RNAهای غیرکدکننده طویل باشد. لذا هدف از تحقیق حاضر، شناسایی و کشف ژنهای غیرکدکننده بلند طولانی موثر برسندرم آسیت در جوجههای گوشتی بود. مواد و روشها: بدین منظور، از شش مجموعه داده متعلق به چهاربافت (کبد، کلیه، قلب و سرخرگ ششی) استفاده شد. جهت شناسایی ژنهای غیرکدکننده بلند طولانی از انواع نرمافزارها (CPC2, CNIT PLEK, FEELNC, PLIT) و انواع بلاستها بر علیه پایگاه داده های مختلف NR و Refseq و همچنین، سایر ابزارهای شناسایی رونوشتها استفاده شد. برای انجام متاآنالیز ازنرمافزار meta-RNAseq و روش فیشر استفاده شد. یافتهها: بررسی نتایج این تحقیق نشان داد که 188 رونوشت lncRNA به عنوان RNA غیرکدکننده بلند طولانی جدید در بافتهای مورد بررسی کشف و شناسایی شدند. از این تعداد، 166 lncRNA در فاصله 50±هزار بازنوکلئوتیدی با 689 تعداد ژن همجوار بودند. آنالیز همبیانی نشان داد که بین 13عدد lncRNA وتعداد 17 ژن همجوار همبستگی بالای 90/0 وجود داشت. از این 17تعداد ژن همجوار،6 تعداد ژن کدکننده شناخته شده بودند. بررسی سطح معنیداری بین گروه پرندگان سالم و آسیتی نشان داد که در بافت سرخرگ ششی بیان 4 ژن به صورت معنی داری متفاوت بود که این 4 ژن همجوار کدکننده با3 تا lncRNA ارتباط بیانی داشتند. بعبارت دیگر، یک lncRNA دو ژن همجوار را کنترل میکرد. درمتاآنالیز نیز تعداد 9 ژن lncRNA بین پرندگان سالم و آسیتی بطور معنی داری دارای بیان افتراقی بود که بررسی های بیشتر آنها نشان دهنده ارتباطات آنها با سندروم آسیت بود. نتیجه گیری: نتایج این تحقیق به روشنی نشان داد که lncRNA ها نقش مهمی در بروز بیماری آسیت ایفا می-کنند و با مدیریت ژنتیکی گلههای مرغان تجاری میتوان بروز این عارضه در مرغداریها را کم و ضررهای اقتصادی را کنترل کرد. واژههای کلیدی: آسیت، متاآنالیز، RNAهای غیرکدکننده بلند طولانی، فیشر | ||
| کلیدواژهها | ||
| آسیت؛ متاآنالیز؛ RNAهای غیرکدکننده بلند طولانی؛ فیشر | ||
| مراجع | ||
|
آلبوشکه. سیدنادر، بختیارزاده محمدرضا. 1398. شناسایی lncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ به وسیله روش RNA-seq. 2:165-180.
حسنپور کریم. 1394. بررسی ترنسکریپتوم و پروفایل بیان ژن مرغان حساس به آسیت. رساله دکتری دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد.
حسن زاده، محمد. 1387. بیماریهای متابولیکی طیور، چاپ اول، انتشارات دانشگاه تهران. صفحات 89-86.
جباری رقیه. 1398. آنالیز پروفایل ترنسکریپتومی و فاکتورهای متابولیکی سندرم آسیت القا شده در یک لاین مرغ گوشتی، رساله دکتری دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز.
محمدی فر آمنه، فقیه ایمانی سید علی، محمدآبادی محمد رضا، سفلایی محمد. (1392). تأثیر ژن TGFb3 بر ارزش های فنوتیپی و ارثی صفات وزن بدن در مرغ بومی استان فارس. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 5(4)، 136-125.
Chen L, Zhang SH, Huang J, Zhang G, Xie K, Wang J, Wu H and Dai G, 2019. identification of Long Non-Coding RNA-Assocciated Competing Endogenous RNA Network in the Differentiation of chicken Preadipocytes Animal Genetics and Genomics. 10,795, doi.org/10.3390/10100795.
Gupta P, Peter S, Jung M, Lewin A, Hemmrich-Stainsak G, Franke A, Kleist M., Schutte C, Einspanier R., Shabati S and Brugge J, 2019. Analysis of long non-coding RNA and mRNA expression in bovine macrophages brings up novel aspects of Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis infections. Scientific Reports, 9:1571. https://doi.org/10.1038/s41598-018-38141-x.
Khabiri A, Toroghi R, Mohammadabadi M, Tabatabaeizadeh S, 2023. Introduction of a Newcastle disease virus challenge strain (sub-genotype VII. 1.1) isolated in Iran. Vet Res Forum 14 (4): 221-228.
Liu J, Zhou Y, Hu X, Yang J, Lei Q, Liu W, Han H, Li F and Cao D, 2021. Transcriptome analysis reveals the profile of long non-coding RNAs during chicken muscle development. Sec. Developmental Physiology. Volume 12, https://, doi.org/10.3389/fphys.2021.660370.
Li D, Li F, Jiang K, Zhang M, Han R, Jiang R, 2019. Integrative analysis of long noncoding RNA and mRNA reveals candidate lncRNAs responsible for meat quality at different physiological stages in Gushi chicken. PLoS ONE14(4): e0215006. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0215006.
Liu L, Ren L, Liu A,Wang J, Wang, J and Wang Q, 2022. Genome-wide identification and characterization of long non-coding RNAs in embryo muscle of chicken. Animals 12, 1274. https://doi.org/10.3390/ani12101274.
Marot A, Trepo E, Doerig C, Moreno C, Moradpour D and Deltenre P. 2015. Systematic review with meta-analysis: self-expanding metalstents in patients with cirrhosis and severe or refractoryoesophageal variceal bleeding. Journal Evidence based on Medicine. 42:1250–1260. doi:10.1111/apt.13424125.
Mohammadabadi MR, Nikbakhti M, Mirzaee HR, Shandi A, Saghi DA, Romanov DA, Moiseyeva IG. 2010. Genetic variability in three native Iranian chicken populations of the Khorasan province based on microsatellite markers. Russian Journal of Genetics. 46, 505-509.
Mohammadifar A, Faghih Imani SA, Mohammadabadi MR, Soflaei M, 2014. The effect of TGFb3 gene on phenotypic and breeding values of body weight traits in Fars native fowls. Agricultural Biotechnology Journal. 5, 125-136 (In Persian).
Mohammadifar A and Mohammadabadi MR, 2017. the effect of uncoupling protein polymorphisms on growth, breeding value of growth and reproductive traits in the fars indigenous chicken. Iranian Journal of Applied Animal Science. 7: 679-685.
Mohammadifar A and Mohammadabadi MR, 2018. Melanocortin-3 receptor (mc3r) gene association with growth and egg production traits in Fars indigenous chicken. Malays Appl Biol 47: 85–90.
Ramasamy A, Mondry A, Holmes A and Altman D, 2008. key issues in conducting a meta-analysis of gene expression microarray datasets. Plos Medicine, doi.org/10.137/journal.pmed.0050184.
Shahdadnejad N, Mohammadabadi MR and Shamsadini M, 2016. Typing of Clostridium perfringens isolated from broiler chickens using multiplex PCR. Genetics Third Millennium. 14 (4): 4368-4374.
Tingting L, Suya W, Rimao W, Xueya Z, Dahai Z and Yong Z, 2012, Identification of long non-protein coding RNAs in chicken skeletal muscle using next generation sequencing, Genomics 99(5): 292-298.
Wang Y, Guo Y, Ning D, Peng Y, Cai H, Tan J, Yang Y and Liu D, 2012. Changes of hepatic biochemical parameters and proteomics in broilers with cold-induced ascites. Journal of animal science and biotechnology, 3(1), 41-49.
Xu C, Yang M, Tian J, Wang X and Li Z, (2011) MALAT-1, a long non-coding RNA and its important 3'end functional motif in colorectal cancer metastasis. International Journal of Oncology 39(1): 169-75. doi: 10.3892/ijo.2011.1007.
Zhai B, Zhao Y, Fan SH, Yuan P, Li H, Li SH, Li Y, Zhang Y, Huang H, Li H, Kangand H and Li G, 2021. Differentially expressed lncRNAs related to the development of abdominal fat in Gushi chickens and their interaction regulatory network. Livestock Genomics. 12: 1-12 https://doi.org/10.3389/fgene.2021.802857. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 616 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 436 |
||